La soluzione neutra di lipopolisaccaride può essere conservata a temperatura ambiente per diversi mesi e la sua attività biologica non cambia in modo significativo. Se viene conservato a 4 ℃ o in un frigorifero a bassa temperatura, la sua attività biologica può rimanere invariata per diversi anni o decenni. La polvere neutra di lipopolisaccaride secco può essere conservata a temperatura ambiente o in frigorifero per decenni o più senza perdere la sua attività biologica.

Quando il lipopolisaccaride viene posto in una soluzione acida a temperatura ambiente, le sue molecole subiscono una parziale degradazione. Questo cambiamento coinvolge principalmente la scissione dei legami glicosidici tra polisaccaride e lipide A e la scissione dei legami lipide A1-glucosidi. Il riscaldamento può favorire questa reazione. Una soluzione acida forte può distruggere completamente il lipopolisaccaride in condizioni di riscaldamento.

I fattori alcalini hanno una grande influenza sulle molecole dei lipopolisaccaridi, principalmente sulle molecole del lipide A. In questo momento, il legame dell'estere 4-fosfato sullo scheletro del lipide A e il legame dell'estere dell'acido grasso sulle posizioni 3 e 3 sono facili da distruggere, il che può causare la scissione della molecola. In questo momento, le molecole degradate perdono la loro tipica attività endotossinica. I lipopolisaccaridi possono essere completamente distrutti in condizioni fortemente alcaline.